La Jurisdicción Especial para la Paz imputó crímenes de guerra y de lesa humanidad a doce exintegrantes de la Fuerza Pública por lo ocurrido en la Comuna 13 de Medellín y zonas aledañas entre 2001 y 2004. La decisión incluye a los generales en retiro Mario Montoya y Leonardo Gallego Castrillón, a otros seis antiguos miembros del Ejército y a cuatro de la Policía. Según la Sala, los homicidios, desapariciones, desplazamientos, torturas, violencia sexual y persecución contra civiles formaron parte de un patrón macrocriminal con participación de estructuras paramilitares, principalmente el Bloque Cacique Nutibara.
El magistrado Gustavo Salazar describió la Operación Mariscal, ejecutada el 21 de mayo de 2002, como un caso de “inobservancia absoluta” de los principios de precaución, distinción y proporcionalidad del derecho internacional humanitario. La Sala estableció que ese operativo dejó nueve civiles muertos y 37 heridos. Entre las víctimas fatales hay dos niñas de 5 y 11 años, otros dos menores y un hombre de 58 años con discapacidad. Los primeros heridos civiles llegaron a la Unidad Intermedia San Javier hacia las 5:10 de la mañana y siguieron ingresando durante unas siete horas. Pese a la presencia de Policía y Fiscalía, la JEP sostiene que no se adoptaron medidas para frenar el daño a los civiles atrapados en el fuego cruzado.
La Sala preguntó a Montoya, a Gallego y al entonces alcalde Luis Pérez Gutiérrez por qué no se restringió el operativo. Salazar afirmó que no pueden decir que no sabían, porque estaban entrando los heridos y los muertos a la unidad intermedia. Según la JEP, la operación contó con una cuestionada coordinación con grupos paramilitares. Sumió a los barrios en un intenso fuego cruzado y, ante la gravedad de los ataques, los habitantes salieron a las calles con sábanas y banderas blancas para exigir el fin de los combates. Este operativo precedió a la Operación Orión, realizada meses después.
Sobre Mariscal, el magistrado Salazar señaló que los reportes de munición gastada son enormes y que se dispararon miles de proyectiles, sobre todo por parte de la Policía y del pelotón que llevaba el esfuerzo principal. Once personas heridas que nunca habían declarado ante la justicia ordinaria relataron que los disparos provenían básicamente de la Policía. Las 34 órdenes de captura previstas no correspondían a jefes ni a miembros de milicias: algunas se relacionaban con violencia intrafamiliar y con alimentos, y no se hicieron efectivas. La fiscal Lilian Andrea Soto reconoció que el operativo estuvo mal planeado. Salazar calificó el resultado como “un desastre”. Los comparecientes insistieron en que Mariscal fue un “fiasco”, y los generales empezaron a señalar que las milicias habían asesinado a las nueve personas.
La Operación Orión, entre el 16 y el 19 de octubre de 2002, desplegó helicópteros y más de 1.500 efectivos para tomar el control de la Comuna 13. La JEP la describe como una alianza criminal con el Bloque Cacique Nutibara. Dejó decenas de civiles muertos, cientos de heridos y desapariciones forzadas, con cuerpos que se presume fueron enterrados clandestinamente en La Escombrera. La Sala documentó interceptaciones y referencias de expedientes de la justicia ordinaria sobre guías encapuchados que eran paramilitares. En esos registros, el término “primos” se usa para referirse a paramilitares y también lo emplean ellos para hablar de policías y militares.
El magistrado Óscar Parra Vera citó instrucciones del general Gallego en las que habría usado expresiones como arrestar “a todo el mundo” y que los heridos tenían que ser interceptados. La Sala imputó privaciones graves de libertad por detenciones masivas, arbitrarias y desproporcionadas, y señaló que a los heridos se les impidió o limitó el paso en los retenes. La Sala documentó once desapariciones forzadas asociadas a la Operación Orión: dos en la fase inicial, seis durante el operativo y tres después.